Cómo usar ClinVar: un tutorial para principiantes

clinvar

¿Qué es ClinVar?

Para muchas personas, secuenciar su genoma es el comienzo de un viaje emocionante. Sin embargo, a menudo las personas no están seguras de dónde comenzar la exploración de sus datos de ADN. Para saber cómo la genética afecta la salud, una herramienta llamada ClinVar puede ser extremadamente útil. Pero, ¿cómo funciona exactamente esta herramienta? ¡Este tutorial te enseñará!

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El 99,9 por ciento

El genoma humano está formado por aproximadamente 3 mil millones de letras repartidas en 23 pares de cromosomas. Juntas, estas letras (también conocidas como nucleótidos) actúan como un manual de instrucciones para determinar nuestros rasgos. Desde el color de cabello de una persona hasta el riesgo de enfermedad cardíaca, el genoma contiene la receta que hace que cada persona sea única.

Elija 2 personas al azar, y es probable que tengan muchas más diferencias que similitudes. Uno puede ser alto, necesitar vasos, tener antecedentes familiares de cáncer de mama y odiar el sabor del cilantro. El otro tiene el pelo rojo, es intolerante a la lactosa y siempre ha sido un estudiante sobresaliente.

Si bien estas dos personas pueden no parecerse en nada, aún comparten el 99,9% de las mismas letras en sus genomas. Toda la variación entre dos individuos aleatorios, desde su apariencia hasta sus riesgos de enfermedad, se debe a diferencias en solo el 0,1% (o 3 millones) de las letras del genoma.

El 0.1 por ciento

Las letras del genoma que pueden ser diferentes entre los individuos se conocen como polimorfismos de un solo nucleótido o SNP (pronunciado “snips”). Por ejemplo, un SNP está presente si la mayoría de las personas tienen la letra “C” en un lugar específico del genoma, mientras que una minoría tiene una “T” en su lugar. Se diría que este SNP tiene 2 posibles variantes, o “alelos”: C y T.

Los científicos estiman que hay potencialmente hasta 100 millones de SNP en todo el genoma. Muchos de estos SNP ocurren dentro de los genes, las secuencias de ADN que actúan como instrucciones para fabricar proteínas, máquinas moleculares que realizan diversas tareas dentro y fuera de las células. Sin embargo, muchos más SNP ocurren fuera de estas regiones, en los llamados “ADN basura” . A pesar de su nombre, este ADN comprende alrededor del 99% de la información de nuestro genoma, y los científicos continúan descubriendo cada vez más su importancia para nuestra salud.

Independientemente, identificar los SNP es un paso clave para comprender los datos genómicos personales. Algunos SNP pueden tener un efecto poderoso sobre la susceptibilidad de un individuo a una determinada enfermedad. Por ejemplo, considere la enfermedad de Alzheimer. Un SNP particular en el APOE gen aumenta el riesgo de una persona de desarrollar la enfermedad de Alzheimer al más de 20 veces !

Con los avances en las tecnologías de pruebas genéticas que reducen el costo de secuenciar un genoma humano, cada vez más personas están dando el salto para aprender sobre sí mismas a través de su ADN. Algunas empresas de pruebas genéticas brindan a sus usuarios acceso a sus archivos de ADN sin procesar, para que puedan explorar sus datos por sí mismos. Aunque esto empodera a los usuarios, al mismo tiempo puede ser bastante abrumador. La mayoría de las personas no están muy familiarizadas con la genética humana y diversas herramientas de análisis de datos. En particular, dados los millones de SNP, es comprensible que muchos usuarios no sepan cómo aprender lo que significan.

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Cómo utilizar ClinVar

Una de las herramientas más útiles para obtener más información sobre lo que sus SNP podrían significar para la salud es ClinVar. Es un archivo público de libre acceso que tiene como objetivo catalogar las relaciones entre las variantes genéticas y su impacto en el estado de salud.

ClinVar está dirigido por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos. Funciona como una base de datos pública central para que los investigadores y los profesionales médicos depositen información sobre los SNP clínicamente relevantes. Por ejemplo, si se publica un nuevo estudio científico que vincula una variante genética con una enfermedad en particular, esta información puede enviarse a ClinVar.

Aunque ClinVar es poderoso, a menudo puede parecer difícil de manejar y difícil de navegar. Aprender a buscar de manera efectiva en el sitio puede desbloquear toneladas de información adicional de los datos de su genoma.

En esencia, puede buscar a través de ClinVar utilizando cualquiera de las 3 piezas diferentes de información. Estos son:

  • ID de SNP
  • Gene
  • Enfermedad / condición

buscando ClinVar por SNP

A la mayoría de los SNP se les asigna una identificación única, que generalmente comienza con las letras “rs” y luego una cadena de números (por ejemplo, rs7412). Ingresar esta identificación puede conectarlo directamente con información sobre la ubicación del SNP, cualquier enfermedad con la que pueda estar asociado y mucho más.

Los archivos de ADN sin procesar, independientemente del formato, generalmente contienen una lista de variantes genéticas y sus ID. En Nebula Genomics, proporcionamos a nuestros usuarios sus variantes genéticas en el formato VCF, que es el formato más utilizado. Para examinar sus variantes genéticas, puede presentar un archivo VCF con un editor de texto como Sublime o simplemente echar un vistazo a los estudios en la Biblioteca Nebula. Hasta la fecha, ya hemos analizado más de 8000 variantes genéticas, ¡y cada semana se agregan nuevos estudios y variantes!

Para conocer la relevancia clínica de un SNP en particular, usemos ClinVar. Comencemos navegando a el sitio , donde la página principal debería verse así:

Página de inicio de ClinVar.
Página de inicio de ClinVar.

En este sitio, puede obtener más información sobre ClinVar y cómo realizar nuevas presentaciones. Si ya tiene un SNP en mente, simplemente puede ingresarlo en la barra de búsqueda y presionar “Buscar”. Aquí, estamos interesados en obtener más información sobre SNP rs63750048.

Búsqueda ClinVar.

Si se ha cargado información sobre un SNP en ClinVar, el sitio devolverá un resultado de búsqueda para ese SNP. Podemos ver de un vistazo que se encuentra en un gen llamado PSEN2 y se ha relacionado con la enfermedad de Alzheimer tipo 4. Al hacer clic en el enlace (resaltado en la captura de pantalla), podemos aprender aún más sobre el SNP.

Resultados de la búsqueda.

En esta página, se proporciona más información sobre el SNP, incluidas todas las condiciones a las que puede estar vinculado y cualquier publicación científica que mencione el SNP. Para cada condición en la sección “Interpretaciones y pruebas enviadas”, puede hacer clic en el enlace “Detalles de la evidencia” para saber cómo el SNP está conectado a la enfermedad y cómo se descubrió.

Una entrada en ClinVar.
Una entrada en ClinVar.
Evidencia en ClinVar.
Evidencia en ClinVar.

Aquí, podemos ver que el SNP fue identificado en una familia italiana afectada por la enfermedad de Alzheimer. La letra normal en esta ubicación del genoma es C, pero las pruebas genéticas realizadas en esta familia muestran que muchos miembros tienen una T en la misma ubicación, lo que puede afectar el funcionamiento del gen PSEN2. El informe continúa señalando síntomas específicos que experimentaron los miembros de la familia.

Evidencia detallada en ClinVar.
Evidencia detallada en ClinVar.

Buscando ClinVar por gen

Quizás no tenemos un SNP en particular en mente y, en cambio, nos gustaría encontrar todos los SNP presentes en un gen que nos interesa. Una vez que encontramos un SNP interesante, podemos volver a nuestros propios datos genómicos y comprobar nuestro estado para este SNP.

Empiece por navegar de regreso a la página de inicio de ClinVar y busque el gen sobre el que está interesado en aprender más. En este caso, buscamos “BRCA”, un gen cuyas variaciones se han relacionado con un mayor riesgo de desarrollar cáncer de mama.

Búsqueda de ClinVar por nombre de gen.
Búsqueda de ClinVar por nombre de gen.

La búsqueda de este nombre de gen devuelve cientos de variantes de ClinVar. Algunos de ellos están en los genes BRCA y otros están en genes estrechamente relacionados con BRCA. Para evitar sentirnos abrumados por los resultados de búsqueda, podemos filtrarlos usando las opciones en el lado izquierdo de la página. Éstas incluyen:

  • Importancia clínica: ¿Este SNP causa una enfermedad en particular (patógena y probablemente patógena) o no (benigna y probablemente benigna)? ¿O no está seguro de cuáles son sus efectos? ¿O hay resultados contradictorios de diferentes estudios?
  • Consecuencia molecular: ¿Qué efecto tiene el SNP en la secuencia del gen?
  • Tipo de variación: ¿Se agrega una letra a la secuencia o se elimina de ella? ¿O se sustituye una letra por otra (por ejemplo, C a T)?
  • Estado de la revisión: ¿Cuánta evidencia clínica existe para este SNP?
Filtros ClinVar.
Filtros ClinVar.

Después de revisar los numerosos SNP en diferentes filtros, aprendamos más sobre la variante resaltada con el cuadro rojo a continuación.

Siguiendo el enlace, podemos obtener inmediatamente más información sobre el SNP. Podemos ver que el SNP es un cambio de la letra G a la letra C ubicada en el cromosoma 13, y está potencialmente relacionado con un mayor riesgo de cáncer de mama. Además, podemos aprender el ID del SNP (rs81002796).

Importancia clínica en ClinVar.
Importancia clínica en ClinVar.

Búsqueda de ClinVar por enfermedad

Finalmente, si no tenemos un SNP en particular o un gen en particular en mente, podemos buscar en todos los SNP vinculados a una enfermedad en particular. Aunque no es necesario, agregar el[disease/phenotype] La etiqueta después de un término de búsqueda puede ayudar a limitar los resultados a los más pertinentes para la condición específica. Por ejemplo, si estamos interesados en los SNP relacionados con la diabetes, podemos buscar en ClinVar con el término “diabetes[disease/phenotype] ”.

Búsqueda de ClinVar por nombre de enfermedad.
Búsqueda de ClinVar por nombre de enfermedad.

Dado que se devuelven miles de resultados, filtremos los resultados para mostrar solo aquellos que son “factores de riesgo” establecidos para la diabetes. Entonces, aprendamos más sobre el primer resultado.

Filtro de factores de riesgo.
Filtro de factores de riesgo.

Siguiendo el enlace, podemos saber que este SNP es el cambio de una letra C a G ubicada en el cromosoma 1 en un gen conocido como PTPN22. El SNP fue identificado en una publicación en 2006.

Enlace a la literatura.
Enlace a la literatura.

Si estamos interesados en obtener más información sobre cómo se encontró el SNP, podemos seguir el enlace de la publicación para obtener más información sobre el estudio.

Estudio vinculado.
Estudio vinculado.

ClinVar es poderoso. Úsalo con sabiduría.

Aunque ClinVar es una amplia base de datos que recopila resultados de miles de estudios médicos y de laboratorio, es importante señalar que la herramienta no es un asesor genético. No está diseñado para brindar asesoramiento y diagnósticos médicos. Si sospecha que la información que ha encontrado a lo largo de sus búsquedas en el sitio podría ser relevante para su salud, es importante que consulte a un médico u otro profesional de la salud autorizado para obtener asesoramiento genético.

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