Cómo usar GEDmatch: el tutorial completo para encontrar parientes

Introducción a GEDmatch

GEDmatch es un sitio de genealogía principalmente gratuito que permite a los usuarios cargar sus propios resultados de pruebas de ADN autosómico y encontrar personas relacionadas. Fue fundada por Curtis Roger en 2010. La poderosa herramienta GEDmatch Genesis encuentra segmentos coincidentes de ADN en sus 1.3 millones de usuarios, independientemente de la compañía de la que provengan los datos originales. Los usuarios pueden cargar datos desde una amplia variedad de sitios, lo que permite que las personas encuentren miembros de la familia incluso si uno usó 23andMe y el otro usó AncestryDNA. También hay otras herramientas de ADN que le permiten explorar su ascendencia.

Uno de los principales inconvenientes de GEDmatch es que no está diseñado para usuarios novatos. Para eso es este tutorial: le mostraremos cómo registrarse de forma gratuita, cargar sus datos de ADN sin procesar de otros sitios de pruebas de ADN, cómo observar su ascendencia y explorar sus relaciones familiares.

¿Es seguro GEDmatch?

GEDmatch no le brindará información médica inexacta que pueda hacer que busque atención médica por error, ya que no le brindará ninguna información médica o de salud en absoluto. Tampoco se promociona a sí mismo como la medida más exacta y precisa de la etnia. Las herramientas de mezcla / herencia extraen datos de muchas fuentes diferentes y sus resultados variarán según el proyecto que seleccione.

Antes de comenzar a cargar sus datos genéticos en sitios web aleatorios, debe saber más sobre quién recibe esos datos. GEDmatch es actualmente propiedad de Verogen, una empresa de genómica forense. Verogen gana dinero, en parte, al permitir que las fuerzas del orden usen su base de datos de genealogía para resolver delitos. Esto podría significar que su ADN podría ayudar a identificar a una víctima de un crimen, o al criminal.

Como registrarse

El registro es sencillo. Ve a la página de registro e ingrese su nombre, alias si prefiere que su nombre no aparezca públicamente, correo electrónico y contraseña. Su correo electrónico y contraseña serán su inicio de sesión de GEDmatch.

El correo electrónico debe ser válido ya que GEDmatch enviará un código de validación. Tenga en cuenta que este correo electrónico será visible para otros usuarios si elige utilizar la herramienta central de comparación de ADN de uno a muchos. Aunque se solicita su nombre real, este no parece estar validado.

Cómo cargar datos en GEDmatch

GEDmatch no ofrece pruebas de ADN, solo interpretación de resultados de ADN existentes. Por lo tanto, deberá descargar sus datos de cualquier empresa de pruebas basada en SNP a la que haya enviado una muestra. Puede buscar «cómo descargar datos genéticos sin procesar de» y el nombre de su empresa de pruebas o ir directamente a los tutoriales de ADN ancestral , 23 y yo o ADN del árbol genealógico .

Dependiendo de dónde se realizó la prueba, puede descargar un solo archivo o una carpeta. Es probable que esté «comprimido con gzip», lo que hace que ocupe menos espacio, pero hace que solo una computadora pueda leerlo. Para «descomprimirlo» y hacerlo legible por un humano, en una Mac, haga doble clic en él o, en una PC, haga clic con el botón derecho y haga clic en «descomprimir». Ahora puede abrirlo en WordPad o Excel.

GEDmatch solo aceptará lo que llama «formato 23andMe». Esto difiere del “Formato de llamada variante” o “VCF”. GEDmatch no aceptará archivos .vcf. Es probable que pueda descargar directamente un archivo en formato 23andMe. Si solo puede descargar un VCF, consulte este tutorial (desplácese hacia abajo hasta la parte titulada «Conversión de archivos VCF a archivos 23andMe»).

GEDmatch no aceptará exomas o genomas completos. También recomiendan no cargar datos imputados cuando una computadora haya intentado adivinar cuál podría haber sido su ADN entre los SNP que realmente se probaron. Debe cargar solo datos SNP sin procesar.

GEDmatch verificará si el archivo está en el formato correcto y lo rechazará si no lo está. Si desea comprobar que el archivo tiene el formato 23andMe, puede abrirlo en Wordpad o Excel. Es probable que tenga algunas líneas en la parte superior que comienzan con un hashtag, pero la computadora las ignora. El resto se verá así:

# genotipo de posición del cromosoma rsid

rs3094315 1 752566 AA

rs3131972 1 752721 GA

rs75333668 1 762320 CC

rsID es el nombre del SNP, el cromosoma y la posición son donde se encuentra el SNP, y el genotipo es lo que es el SNP en esa posición. Hay dos cartas, una de cada padre.

Ahora, puede cargar su información genética en GEDmatch. Este botón está en el lado derecho de la página de inicio, marcado en el cuadro rojo a continuación, y dice «Cargas genéricas (23andMe, FTDNA, AncestryDNA, Living DNA y la mayoría de los demás)».

En la siguiente página, se recomienda completar toda la información que tenga. Sin embargo, las únicas casillas necesarias son un nombre y que haga clic en el botón de radio que indica que está autorizado para cargar los datos (porque es suyo, tiene su permiso, la persona está muerta o es un agente de la ley). Todo lo demás es opcional. Si no sabe la respuesta, déjela en blanco.

El último conjunto de preguntas es opcional, pero es importante responderlo. Se solicita las preferencias de privacidad para este perfil de ADN, también llamado «kit de ADN».

La opción predeterminada es «Opt-in», que permitirá a las fuerzas del orden acceder a sus datos para búsquedas criminales. Es importante tener en cuenta que GEDmatch se ha utilizado para identificar a los delincuentes mediante la búsqueda de familiares incluso lejanos. GEDmatch se utilizó para resolver el caso sin resolver de Golden State Killer al comparar el ADN de la escena del crimen con un primo tercero o cuarto.

Elegí “Optar por no participar”, lo que me permite comparar mi equipo con otros y permitir que las personas que no son agentes del orden público me encuentren. Otras opciones incluyen investigación, que le permite ver coincidencias pero no permite que las coincidencias lo vean, o privado, que no le permitirá encontrar miembros de la familia usando la herramienta Génesis pero le permitirá usar otras herramientas de ascendencia.

Incluso si opta por no participar o elige mantener la privacidad de los datos, GEDmatch aún entregará los datos a las fuerzas del orden si un tribunal cita la información.

Haga clic en «Elegir archivo», busque el archivo en su computadora y luego haga clic en «cargar». Una vez que haya agregado su archivo, es posible que la carga tarde varios minutos en realizarse. No abandone la página ni presione actualizar. El tiempo dependerá de qué tan grande sea su archivo de datos genómicos y qué tan buenas sean sus velocidades de carga. Si tarda más de diez minutos, debería intentarlo de nuevo.

Si su archivo es demasiado grande y lento para cargar, puede volver a comprimirlo. En una Mac, presione Ctrl + clic en el nombre del archivo y seleccione «Comprimir». En una PC, haga clic con el botón izquierdo, seleccione «Enviar a» y seleccione «Carpeta comprimida (en zip)».

Luego verá algunos números verdes grandes contando, verificando que cada uno de sus cromosomas se haya encontrado en su archivo, y luego le dará su «número de kit». Lo necesitará para todo el análisis en GEDmatch. No se preocupe demasiado por escribirlo en un lugar seguro, aparecerá en la página de inicio y podrá copiarlo y pegarlo desde allí.

Para volver a la página de inicio, deberá responder la pregunta de GEDmatch, «¿Cuándo estará disponible mi kit para la herramienta de uno a varios?» con «Normalmente dentro de las 24 a 48 horas». Esta es la estrategia de GEDmatch para evitar que les envíe correos electrónicos y les pregunte por qué aún no puede encontrar los resultados.

La herramienta de uno a muchos de GEDmatch tarda un poco en ejecutarse porque tiene que comparar su ADN con el ADN de los 1,3 millones de usuarios. Sin embargo, no se preocupe, hay otras herramientas con las que puede jugar mientras espera.

Cómo mirar su Aditivo / Herencia

Para ver su Aditivo (herencia), necesitará encontrar su número de kit. El mío está resaltado en el rectángulo verde a la izquierda de arriba. Puede escribir esto o simplemente copiarlo para pegarlo más tarde. Luego, haga clic en «Admixture (heritage)» a la derecha de la pantalla.

El análisis de mezclas funciona al hacer coincidir fragmentos de sus SNP con un conjunto de referencias. Es importante que esté comparando con el conjunto correcto de referencias. De lo contrario, el programa podría intentar forzar una coincidencia que en realidad no es precisa, pero es lo más parecido que tiene y perder una coincidencia que podría haber hecho.

Esta hoja de cálculo contiene una lista completa de cada una de las poblaciones de cada proyecto.

MDLP es bueno como calculadora global amplia. Extrae datos de todo el mundo. MDLP world y MDLP world-22 son útiles para cualquiera que desee obtener una visión amplia de su ascendencia. MDLp world-22 incluye pigmeo, asiático occidental, mesolítico del norte de Europa (una muestra de ADN antiguo), indo-tibetano, mesoamericano, ártico-amerindio, sur-americano_amerind, indio, norte-siberiano, atlántico_Mediterano_ neolítico, samoédico, indo_iriano, este-siberiano , Noreste de Europa, Sudafricana, Norteamerindia, Subsahariana, Este-Sur-Asiático, Cercano Oriente, Melanesio, Paleo-Siberiano y Austronesio.

Eurogenes proporciona un mapa más detallado de Europa con Eurogenes EUtest V2 K15, que incluye North_Sea, Atlantic, Baltic, Eastern_Euro, West_Med, West_Asian, East_Med, Red_Sea, Aouth_Asian, Southeast_Asian, Siberian, Amerindian, Oceanía, Northeast African y Sub-Sahara.

Dodecad tiene algunas agrupaciones diferentes que brindan una buena diversidad para aquellos con herencia africana (Dodecad Africa9 con Europa, NW_Africa, SW_Asia, E_Africa, Mbuti, W_Africa, Baika y San), o de herencia asiática (Dodecad V3 con East_European, West_European, Mediterranean, Neo_African , Asia occidental, Asia meridional, Asia nororiental, Asia sudoriental, África oriental, Asia sudoeste, África noroccidental y Paleoafricana).

HarappaWorld está dirigido a la ascendencia del sur de Asia e incluye S-Indian, Baloch, Caucásico, NE-Euro, SE-Asian, Siberian, NE-Asian, Papuan, American, Beringian, Mediterranian, SW-Asian, San (Cazadores-recolectores sudafricanos) , E-Africano, Pigmeo y W-Africano.

Ethiohelix está dirigido a personas de ascendencia africana con Ethiohelix K10 Africa Only que contiene nilo-sahariano, East-Africa2, Mbuti-Pygmy, East_Africa1, Khoi-San, West_Africa, Hadza, Biaka-Pygmy, North-Africa y Omotic.

puntDNAL extrae datos de ADN antiguo, con puntDNAL K10 Ancient que incluye ASI (antiguo sur de la India), subsahariano, Oceanía, Beringian, END (primeros agricultores del Neolítico), CHG (cazadores-recolectores del Cáucaso), siberiano, E_Asian WHG (cazador de Europa occidental) ) y amerindios.

Gedrosia también utiliza ADN antiguo con Gedrosia Ancient Eurasia K6, incluyendo Ancestral North Eurasian, Ancestral South Eurasian, East_Asian, West European Hunter-Gatherer, Natufian y Sub_Saharan.

Los resultados de la prueba se pueden visualizar de varias formas, incluidas las «proporciones», que dan un gráfico circular, o la «mezcla por cromosoma», que incluye la información sobre qué partes de sus cromosomas se identifican como provenientes de cada región.

El gráfico circular es útil para ver cuáles son sus estimaciones de ascendencia total. La pintura de cromosomas le permite ver qué áreas de su genoma son de qué población y ayuda a mostrar un poco más de incertidumbre en las estimaciones: las áreas que son de múltiples colores pueden provenir de cualquiera de esas poblaciones, ya que las poblaciones tienen ADN similar en ese genoma. región.

Cómo saber si tus padres son parientes

De manera similar a cómo GEDmatch le permite encontrar parientes en su base de datos de ADN al hacer coincidir segmentos de su ADN con el de ellos, puede verificar si sus padres estaban relacionados al buscar segmentos de su propio ADN que coincidan. Tienes dos copias de cada cromosoma, una de cada padre. y poder compararlos entre sí. Si las partes grandes coinciden, es probable que sus padres compartan un antepasado común reciente.

Afortunadamente, mis resultados fueron bastante aburridos.

El rojo denota que no hubo coincidencia, el verde que hubo una coincidencia y el azul que hubo una coincidencia larga. Se espera que algunos partidos cortos ocurran por casualidad. Varias coincidencias largas indicarían que tus padres están relacionados.

Cómo comprobar si estás relacionado con algún ser humano antiguo

Todos descienden de algunos humanos antiguos, pero no todos los humanos antiguos han sido secuenciados. De vez en cuando, los científicos encuentran restos antiguos que todavía tienen ADN humano que está en buenas condiciones para extraer información genética.

Esta aplicación funciona de manera similar a la herramienta de comparación de ADN de uno a muchos que probablemente todavía está esperando ejecutar. Compara su ADN con las muestras antiguas y comprueba si coinciden los tramos largos.

La herramienta le permite cambiar la longitud del tramo coincidente. 0.5 cM es bastante corto y hay muchas coincidencias. Muchas coincidencias no indican necesariamente que exista una relación cercana. Estos se indican en naranja. Cada barra naranja muestra qué parte de los cromosomas del ser humano antiguo coincide con el mío.

Sin embargo, si aumenta el estiramiento que debe coincidir con un número mayor, aquí 5cM, coinciden significativamente menos estiramientos. Esto significa que no estoy muy relacionado con estos humanos antiguos. No hubo coincidencias por encima de 6cM.

Cómo buscar segmentos coincidentes en varias personas

En lugar de comparar únicamente sus cromosomas con otros (uno a muchos), el navegador de cromosomas 3-D permite que se realicen hasta 9 comparaciones a la vez (muchos a muchos).

Aquí estoy mirando a dos personas que son padres e hijos y un familiar lejano. Las barras de colores son las partes del cromosoma X que coinciden entre los dos individuos. La naranja muestra que la mayoría de los cromosomas X coinciden entre la madre y el niño.

La parte central que no está resaltada como coincidencia es el centrómero. Hay un centrómero en el medio de cada cromosoma. El ADN centromérico es muy repetitivo y no contiene ningún gen. Por lo tanto, generalmente no se incluye en el análisis de SNP.

Es probable que la madre y el niño también tengan centrómeros coincidentes, pero como no se analizaron SNP en esa área, no se puede confirmar que sean iguales.

Las barras amarillas muestran la parte del cromosoma X que coincide con el familiar más lejano. Este trozo es más pequeño ya que el individuo está relacionado más lejanamente. El fragmento también coincide con la madre y el niño, lo que indica que el pariente está relacionado con el niño a través de la madre. Si el pariente lejano estuviera relacionado con el niño a través del padre, no habría coincidencia.

Puede utilizar el explorador de cromosomas 3D para cualquier persona de la que tenga números de kits. Sin embargo, los individuos no emparentados no tendrán ADN coincidente y no proporcionarán gráficos muy interesantes.

¿Cómo se encuentran los números de kit para personas relacionadas? ¡Usa la herramienta uno a muchos!

Cómo utilizar la herramienta uno a varios

Uno o dos días después de cargar su información de ADN, puede escribir su número de kit (o el de cualquier persona) en la parte superior y presionar buscar. Esto atraerá a las personas que comparten segmentos de ADN contigo, también conocidos como tu familia.

La primera columna es el número de kit, que identifica de forma única la carga de ADN y permite a cualquier usuario repetir cualquier análisis utilizando ese número de kit en lugar del suyo. Esto significa que puede tomar el número de kit que encuentre aquí y conectarlo a las herramientas descritas anteriormente: puede averiguar su mezcla / herencia, si sus padres eran parientes, o comparar sus cromosomas con cualquier otra persona cuyo número de kit copie y pegue.

La segunda columna es el alias que el usuario elija usar para ese kit y la tercera es el correo electrónico del usuario. Es posible que el usuario no sea la persona de la que proviene el ADN. No debe asumir que ese correo electrónico pertenece a su familiar, solo que pertenece a alguien con autorización para cargar la información de ADN de su familiar.

Después, la información del usuario es «GED». El GED en GEDmatch significa GE nealógico re ata. Esto proviene del GEDCOM ( GE nealógico re ata COM comunicación) formato de archivo.

Si tiene un árbol genealógico detallado en un software de investigación genealógica, puede exportarlo en formato GEDCOM y cargarlo en GEDmatch. Esto le permitirá vincular árboles genealógicos utilizando la función de parentesco en la herramienta uno a muchos de GEDmatch. Si un kit tiene una entrada GEDCOM asociada, aparecerá como un enlace en esta columna.

La edad en días se refiere a cuánto tiempo hace que se cargó el kit. Tipo describe. El sexo es un binario Masculino o Femenino que el usuario indicó al cargar el kit. Otras entradas que el usuario podría haber indicado son los haplogrupos: Mt e Y.

Mt es la abreviatura de mitocondrias. Las mitocondrias se transmiten de madre a hijo y no se recombinan ni se fragmentan con cada generación, como lo hace la mayor parte del genoma. Permite a las personas rastrear su linaje directamente a través de sus madres.

Y es similar a Mt pero solo para hombres. Solo los extremos del cromosoma Y pueden recombinarse con el cromosoma X, lo que significa que la mayor parte del cromosoma Y se transmite intacto de padre a hijo. Esto permite a los hombres rastrear su linaje a través de sus padres.

GEDmatch no le dirá cuál es su haplogrupo, pero es posible que pueda averiguarlo si sus familiares tienen la información de su haplogrupo. Si comparte un ancestro materno común, tiene el mismo haplogrupo Mt. Si es hombre y comparte un ancestro paterno común con otro hombre, entonces tiene el mismo haplogrupo Y.

El siguiente es el «Total cM» del partido. Los CentiMorgans son una medida de la longitud del ADN que influye en la frecuencia con la que ciertos puntos se recombinan. Dos columnas más adelante es «Más grande», que indica el segmento más largo que coincide entre dos individuos.

Una columna «Generaciones» da una estimación del número de generaciones que separan dos individuos. 1 representa una relación padre-hijo, 1.2 es hermano, 1.4 es medio hermano, tío o abuelo. 2 sería un primo como lo fue el último ancestro común hace 2 generaciones, 2.6 sería un primo hermano una vez eliminado, 3 sería el primo segundo con el último ancestro común hace 3 generaciones. La predicción se descompone en 4.

El individuo del ejemplo tiene dos parientes de primer grado, padres o hijos, un pariente de 1,5 grados, como una tía, y un pariente de segundo grado, probablemente un primo. Mis propios resultados fueron todos más allá de los parientes de cuarto grado.

La fuente indica la empresa por la que se generaron los datos genómicos o que los datos se migraron (transfirieron) desde el antiguo sitio GEDmatch. La capacidad de extraer de diferentes kits de prueba de ADN uno de los beneficios originales de GEDmatch. Si un usuario desea buscar miembros de la familia, no tiene que comprar los kits Ancestry y 23andMe. El usuario puede buscar en todos los datos de ADN cargados independientemente del servicio de pruebas de ADN.

La columna «Superposición» describe cuántos SNP se compararon realmente. Esto no se realiza para kits migrados. El nuevo sistema de génesis no necesita que los kits hayan probado exactamente los mismos SNP para poder decir que dos individuos están relacionados. Sin embargo, más SNP que coincidan directamente significan más certeza en la coincidencia.

Cómo iterar con GEDmatch

Gran parte de la diversión de GEDmatch es poder observar las conexiones entre las personas. Si suficientes de sus familiares han subido sus datos, puede encontrarlos, ver cuáles están relacionados entre sí y construir su árbol genealógico. Una vez que haya encontrado los números de kit de personas relacionadas con usted, puede realizar cualquier análisis de esa persona que usted mismo hubiera hecho. Esto puede permitirle identificar de dónde provienen las diferentes partes de su herencia.

Incluso si no tiene parientes cercanos, puede encontrar números de kit de extraños y encontrar sus conexiones familiares y aprender sobre su historia y herencia familiar. Esto puede ser divertido de una manera curiosa, pero recuerde, cualquier otra persona puede hacer lo mismo con sus datos.

Cómo eliminar sus datos de GEDmatch

Para eliminar sus datos de GEDmatch, haga clic en el lápiz junto a la información del kit en la página de inicio.

Se le dirigirá a la página «Gestión de perfiles de kit». Esta página le permite actualizar la información proporcionada para su kit.

La segunda pestaña dice «Eliminación del kit». Si hace clic en él, será llevado a la página que se muestra a continuación. Ingrese su contraseña y haga clic en eliminar.

Preguntas frecuentes de GEDmatch

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