Imagina tu genoma como una orquesta. A veces, el sonido fluye de un solo instrumento, un solista talentoso que llena la sala de conciertos sin ayuda. Pero más a menudo, la música es una fusión de muchos instrumentos diferentes, cada uno haciendo una pequeña contribución a la melodía general. Hoy en día, la investigación genética busca descubrir cómo una orquesta de genes determina varios rasgos y cómo ocurren las enfermedades si esa orquesta está desafinada.
Los aproximadamente 20.000 genes del genoma funcionan de manera similar. Un rasgo o enfermedad en particular puede ser el trabajo de un solo gen, por ejemplo, el tipo de sangre y la fibrosis quística. Pero las enfermedades y los rasgos más comunes, como las enfermedades cardíacas, la diabetes, la estatura y la inteligencia, son el resultado de múltiples genes que funcionan en combinación. De hecho, cientos, incluso miles de genes pueden trabajar juntos, cada uno ejerciendo una ligera influencia en la biología humana. En la actualidad, los científicos están realizando investigaciones genéticas para diseccionar mejor estos rasgos poligénicos, es decir, ¿qué genes y variaciones genéticas (en su mayoría polimorfismos de un solo nucleótido) contribuyen y cuánto?
Biblioteca de nebulosa – Investigación genética desbloqueada
En Nebula Genomics, estamos comprometidos a llevar descubrimientos científicos de vanguardia a nuestros usuarios, así como a hacer que su significado sea más intuitivo de comprender. Nos complace anunciar el lanzamiento de la Nebula Research Library, una colección actualizada semanalmente de informes personalizados basados en los últimos descubrimientos genéticos. La Biblioteca de investigación de Nebula es la parte central de nuestros informes. Con él, podrá mantenerse al día con los últimos descubrimientos en genómica humana y cómo pueden relacionarse con usted. Hoy en día, la Biblioteca Nebula incluye más de 150 estudios de asociación de todo el genoma (GWAS). Pusimos el contenido de la Biblioteca de Nebula a disposición del público en nuestro blog para facilitar la exploración y el descubrimiento de contenido que le interesa.
En esta publicación de blog, explicaremos cómo utilizar la Biblioteca de investigación Nebula y comprender los resultados de los estudios de asociación de todo el genoma que contiene.
Explicación de la investigación genética
La Figura 1 muestra una entrada de biblioteca ejemplar: un estudio de asociación de todo el genoma que examinó la genética del trastorno por déficit de atención con hiperactividad (TDAH). Primero, se le presenta el título de un artículo de investigación, junto con la fecha de publicación, el autor principal y el nombre y la revista de publicación. A la derecha del título del artículo, puede encontrar un botón para compartir que puede usar para compartir sus resultados por correo electrónico o en las redes sociales. Debajo del título, hay etiquetas de tema que lo ayudarán a explorar la Biblioteca de investigación de Nebula para obtener contenido relacionado.
A continuación, proporcionamos un resumen del estudio junto con información adicional que es relevante para la afección estudiada. En el ejemplo de estudio a continuación, explicamos qué es el TDAH y proporcionamos información sobre cómo se realizó el estudio. Por ejemplo, el número de participantes del estudio y su origen étnico.
Puntuaciones poligénicas
Calculamos dos números para la mayoría de los estudios. El primer número es una puntuación poligénica. Resume el efecto de todas las variantes genéticas descubiertas en el estudio y presentes en su genoma. El segundo número es un percentil que se calcula para la puntuación poligénica. Le indica cómo se compara su puntuación poligénica con las puntuaciones de otros usuarios de Nebula Genomics.
La figura 1 muestra una puntuación poligénica para el trastorno por déficit de atención con hiperactividad (TDAH) que se calculó a partir de las variantes asociadas con el TDAH identificadas en este estudio. (UN). Esta puntuación coloca al usuario en el percentil 97 (B), lo que significa que tiene una puntuación poligénica más alta para el TDAH que el 97% de nuestros usuarios.
Figura 1. Una entrada en la nueva biblioteca de investigación de Nebula.
Información genética detallada
Debajo de la puntuación poligénica, puede encontrar una tabla con variantes genéticas. Las dos primeras columnas de la tabla contienen los ID de las variantes y los alelos (versiones de una variante) que se han encontrado asociados con un rasgo o enfermedad, que es el TDAH en el ejemplo de la Figura 1 (C).
A continuación, vienen tres columnas que enumeran los tamaños de los efectos de los alelos, las frecuencias y la significación estadística de las asociaciones (D). Los tamaños del efecto son las contribuciones de diferentes alelos a la puntuación poligénica. Algunos alelos tienen tamaños de efectos positivos y aumentan la puntuación (resaltados en verde) mientras que otros alelos tienen tamaños de efectos negativos y disminuyen la puntuación (resaltados en azul). Los alelos que no están presentes en su genoma no afectan su puntaje poligénico (no resaltado). La siguiente columna contiene frecuencias de alelos que le indican el porcentaje de personas en la población que portan cada uno de los alelos enumerados. También mostramos significación estadística para cada una de las asociaciones descubiertas en un estudio. Estos números se llaman pags -valores. Cuanto menor sea el pags -valor, cuanto más seguro es que la asociación descubierta entre un rasgo y una variante genética es real.
La última columna muestra su genotipo, los dos alelos que ha heredado de sus padres, y una precisión estimada de nuestra predicción (E). Tenga en cuenta que tenemos en cuenta esta incertidumbre al calcular sus puntuaciones poligénicas. Si la precisión es baja, se reduce la contribución a la puntuación poligénica.
Proceda con precaución
Nos gustaría enfatizar que los puntajes que calculamos no deben considerarse puntajes de riesgo genético y no deben usarse para predecir el riesgo de desarrollar enfermedades. Existen varias limitaciones.
Primero, las puntuaciones poligénicas describen solo predisposiciones genéticas. No se consideran las influencias de factores ambientales como el estilo de vida. En segundo lugar, la heredabilidad genética de la mayoría de los rasgos y enfermedades sigue siendo poco conocida. Los estudios de la Nebula Library enumeran solo las asociaciones más significativas, que son solo una pequeña fracción de todos los vínculos existentes entre la genética y los rasgos. Las variantes identificadas tampoco son necesariamente las variantes causales. En tercer lugar, la mayoría de los estudios examinaron datos genéticos de individuos de ascendencia europea. Si las mismas asociaciones existen en otras poblaciones y pueden usarse para la predicción de riesgos, a menudo sigue siendo una pregunta abierta. Se están llevando a cabo grandes proyectos de genómica de poblaciones como el Biobanco del Reino Unido para responder a esta pregunta.
Por estas razones, la Biblioteca de investigación de Nebula no está destinada para uso médico o diagnóstico. Los genes no son necesariamente el destino. Si tiene una variante particular asociada con una enfermedad en su genoma, no significa que desarrollará esa enfermedad. Lo mismo ocurre con las puntuaciones poligénicas. Una puntuación / percentil poligénica alta para una enfermedad en particular no significa necesariamente un riesgo de enfermedad significativamente mayor. Como siempre, si tiene alguna pregunta sobre su salud, busque el consejo y la opinión de un proveedor de atención médica.
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Informes en la biblioteca de Nebula (agosto de 2020)
- Esclerosis múltiple (IMSGC, 2019)
- Vida útil de los padres (Timmers, 2020)
- Longevidad (Timmers, 2020)
- Healthspan (Timmers, 2020)
- Trastornos del juego (Lind, 2012)
- Nivel de proteína inflamatoria (Hillary, 2020)
- Síndrome de Tourette (Yu, 2019)
- Ansiedad (Meier, 2019)
- Enfermedad tiroidea autoinmune (Saevarsdottir, 2020)
- Diversidad de microbiomas de heridas crónicas (Tipton, 2020)
- Lesiones cerebrales (Armstrong, 2020)
- Espesor corneal (Choquet, 2020)
- Diabetes tipo 2 (Vujikovic, 2020)
- Delgadez (Orthofer, 2020)
- Síndrome de QT largo (Lahrouchi, 2020)
- Cáncer de mama triple negativo (Zhang, 2020)
- Cáncer de mama similar al HER2 (Zhang, 2020)
- Cáncer de mama luminal similar a B (Zhang, 2020)
- Cáncer de mama tipo luminal B / HER2 negativo (Zhang, 2020)
- Cáncer de mama tipo A luminal (Zhang, 2020)
- Intervalo PR (Ntalla, 2020)
- Consumo de carbohidratos (Meddens, 2020)
- Consumo de grasas (Meddens, 2020)
- Consumo de proteínas (Meddens, 2020)
- Consumo de azúcar (Meddens, 2020)
- Fracción de eyección del ventrículo izquierdo (Pirruccello, 2020)
- Volumen sistólico (Pirruccello, 2020)
- Volumen telesistólico del ventrículo izquierdo (Pirruccello, 2020)
- Volumen telediastólico del ventrículo izquierdo (Pirruccello, 2020)
- Diabetes tipo 2 (Spracklen, 2020)
- Melanoma (Landi, 2020)
- Cáncer de pulmón (McKay, 2017)
- Carcinoma de pulmón de células escamosas (McKay, 2017)
- Adenocarcinoma de pulmón (McKay, 2017)
- Síndrome de Sjögren (Lessard, 2013)
- Uso de la computadora para el ocio (van de Vegte, 2020)
- Conducir por placer (van de Vegte, 2020)
- Ver televisión por ocio (van de Vegte, 2020)
- Cálculos biliares (Ferkingstad, 2018)
- Dermatitis atópica (Paternoster, 2015)
- Intervalo QT (Arking, 2014)
- Lunares (Falchi, 2009)
- Degeneración macular relacionada con la edad (Han, 2020)
- Nivel de hidroxivitamina D (Revez, 2020)
- Nefropatía membranosa (Xie, 2020)
- Convulsiones febriles (Feenstra, 2014)
- Volumen cerebral total (Zhao, 2019)
- Enfermedad de Parkinson (Nalls, 2019)
- Volumen cerebral subcortical (Satizabal, 2019)
- Bienestar (Baselmans, 2019)
- Rinitis alérgica (Waage, 2018)
- Peso al nacer y susceptibilidad a enfermedades (Horikoshi, 2017)
- Soledad (Abdellaoui, 2019)
- Albuminuria (Teumer, 2019)
- Calcificación aórtica (Malhotra, 2019)
- Tromboembolismo venoso (Klarin, 2019)
- Esclerosis sistémica (López-Isac, 2019)
- Temblores (Müller, 2016)
- Índice de masa corporal (Couto Alves, 2019)
- Comportamiento reproductivo (Barban, 2016)
- Linfoma difuso de células B de pulmón (Kleinstern, 2019)
- Adicción (comida) (Cornelis, 2016)
- Granulomatosis eosinofílica con poliangitis (Lyons, 2019)
- Densidad ósea (Kemp, 2017)
- Reflujo gastroesofágico (An, 2019)
- Enfermedad de Alzheimer (Kunkle, 2019)
- Pérdida auditiva (Wells, 2019)
- Función pulmonar saludable (Shrine, 2019)
- Envejecimiento acelerado (Gibson, 2019)
- Neuroticismo (Luciano, 2017)
- Pérdida del cromosoma Y (Thompson, 2019)
- Desmayos (Hadji-Turdeghal, 2019)
- Era del cerebro (Jonsson, 2019)
- Leucemia linfoblástica aguda (Vijayakrishnan, 2019)
- Venas varicosas (Fukaya, 2018)
- Esquizofrenia (Lam, 2019)
- Degeneración macular relacionada con la edad (Fritsche, 2015)
- Síndrome de Brugada (Bezzina, 2013)
- Gota (Tin, 2019)
- Marcadores de inflamación en la sangre (Ligthart, 2018)
- Leucemia linfocítica crónica (Berndt, 2016)
- Psicosis (Legge, 2019)
- Glaucoma (MacGregor, 2018)
- Pérdida de mosaico del cromosoma Y (Terao, 2019)
- Errores refractivos (Hysi, 2020)
- Dolor de cuello u hombro (Meng, 2020)
- Momento de la pubertad masculina (Hollis, 2020)
- Frecuencia cardíaca en reposo (Eppinga, 2016)
- Tamaño del disco óptico (Hun, 2019)
- Diabetes tipo 2 (Cook, 2016)
- Atractivo para los mosquitos (Jones, 2017)
- Desprendimiento de retina (Boutin, 2019)
- Adelgazamiento de la córnea: queratocono (McComish, 2019)
- Anhedonia, incapacidad para sentir placer (Ward, 2019)
- Resistencia al paludismo (Red de epidemiología genómica del paludismo, 2019)
- Pólipos nasales (Kristjansson, 2019)
- Esclerosis lateral amiotrófica (Nicolas, 2019)
- Infección por Helicobacter pylori (Mayerle, 2013)
- Enfermedad de Kawasaki (Onouchi, 2012)
- Fibrilación auricular (Okubo, 2020)
- Consumo excesivo de alcohol (Thompson, 2020)
- Altura (Wood, 2014)
- Atractivo facial (Hu, 2019)
- Cáncer de mama (Fachal, 2020)
- Insuficiencia cardíaca (Shah, 2020)
- Dieta y esquizofrenia (Niarchou, 2020)
- Enfermedad diverticular (Maguire, 2018)
- Lupus (Chen, 2020)
- Gemelos fraternos (dicigóticos) (Mbarek, 2016)
- Hábitos dietéticos (Matoba, 2020)
- Síndrome de dificultad respiratoria (Guillen-Guio, 2020)
- Glaucoma (Craig, 2020)
- Hemocromatosis (Benyamin, 2014)
- Carcinoma cutáneo de células escamosas (Sarin, 2020)
- Ronquidos (Campos, 2020)
- Enfermedad por priones (Mead, 2009)
- Consumo de café (Zhong, 2019)
- Longitud de los telómeros (Li, 2020)
- Uso de opioides (Polimanti, 2020)
- Enfermedad de Crohn (Franke, 2010)
- Fibrosis pulmonar idiopática (Allen, 2019)
- Alopecia areata (Petukhova, 2010)
- Podoconiosis (Ayele, 2012)
- Índice de masa corporal (IMC) (Anderson, 2020)
- Enfermedad celíaca (Dubois, 2010)
- Testosterona (Ruth, 2020)
- Resistencia al VIH (Samson, 1996)
- Vitamina D (Manousaki, 2020)
- Anemia aplásica (Savage, 2020)
- Longitud de los telómeros (Codd, 2013)
- Calvicie de patrón masculino (Pirastu, 2017)
- Dolor de rodilla (Meng, 2019)
- Cáncer de sangre (Lin, 2019)
- Genética e ingresos (Hill, 2019)
- Vitiligo (Jin, 2017)
- Nivel de triglicéridos (Richardson, 2020)
- Nivel de colesterol LDL (Richardson, 2020)
- Nivel de colesterol HDL (Richardson, 2020)
- Nivel de apolipoproteína B (Richardson, 2020)
- Nivel de apolipoproteína A-1 (Richardson, 2020)
- Migraña (Anttila, 2013)
- Handdedness (Wiberg, 2009)
- Adiposidad visceral (Karlsson, 2019)
- Duración gestacional (Liu, 2019)
- Enfermedad renal crónica (Hellwege, 2019)
- Enfermedad cerebral de vasos pequeños (Chung, 2019)
- Trastorno del espectro autista (Grove, 2016)
- Presión arterial (Warren, 2019)
- Artritis reumatoide (Stahl, 2010)
- Miocardiopatía (Meder, 2014)
- Comportamiento sexual entre personas del mismo sexo (Ganna, 2019)
- Espesor de la corteza cerebral (Grasby, 2020)
- Estatura baja familiar (Lin, 2020)
- Prolapso de órganos pélvicos (Olafsdottir, 2020)
- Área de superficie de la corteza cerebral (Grasby, 2020)
- Cáncer de mama (Shu, 2020)
- Longevidad (Deelen, 2019)
- Cáncer de tiroides (Liyanarachchi, 2020)
- Infección por coronavirus del SARS (Ching, 2010)
- Infección por coronavirus del SARS (Hamano, 2005)
- Infección por coronavirus del SARS (Tu, 2015)
- Estructuras subcorticales del cerebro (Hilbar, 2015)
- Anorexia nerviosa (Watson, 2019)
- Asma (Johansson, 2019)
- Cáncer colorrectal (Huyghe, 2018)
- Depresión (Wray, 2018)
- Enfermedad de Alzheimer (Wang, 2019)
- Inteligencia (Sniekers, 2017)
- Enfermedad de Alzheimer (Deming, 2019)
- Niveles de colesterol (Kathiresan, 2008)
- Colitis ulcerosa (Anderson, 2011)
- Tromboembolia venosa (Lindstrom, 2019)
- Enfermedad de la arteria periférica (Klarin, 2019)
- Personalidad (Lo, 2017)
- Consumo de alcohol (Evangelou, 2019)
- Comportamiento riesgoso (Linnér, 2019)
- PTSD (Gelernter, 2019)
- Acné (Navarini, 2019)
- Piedras en los riñones (Thorleifsson, 2009)
- Menopausia (Stolk, 2012)
- Migraña (Freilinger, 2012)
- Melanoma (Barrett, 2011)
- Depresión (Power, 2017)
- Presión arterial (Surendran, 2016)
- Colitis ulcerosa (Consorcio de Genética de la EII del Reino Unido, 2009)
- Enfermedad de Alzheimer (Seshadri, 2010)
- Síndrome de piernas inquietas (Winkelmann, 2011)
- Enfermedad renal crónica (Chambers, 2010)
- PTSD (Logue, 2012)
- Enfermedad de las arterias coronarias (Lee, 2013)
- Accidente cerebrovascular (Malik, 2018)
- Obesidad (Jiao, 2011)
- Trastorno por consumo de cannabis (Demontis, 2019)
- Labio leporino (Yun, 2019)
- Psoriasis (Tsoi, 2015)
- Asma (Ferreira, 2019)
- Somnolencia diurna (Wang, 2019)
- Cirrosis biliar primaria (Mells, 2011)
- Consumo de alcohol (Jorgenson, 2017)
- Cáncer de vejiga (Figueroa, 2013)
- Cáncer de mama (Michailidou, 2013)
- Esquizofrenia (Consorcio Psiquiátrico GWAS, 2011)
- Trastorno bipolar (Mühleisen, 2014)
- Insomnio (Hammerschlag, 2017)
- Cáncer de tiroides (Gudmundsson, 2017)
- Tuberculosis (Thye, 2012)
- Cáncer de páncreas (Childs, 2015)
- Cáncer de próstata (Schumacher, 2011)
- Epilepsia (ILAEC, 2014)
- Insomnio (Lane, 2016)
- Artrosis (Consorcio arcOGEN, 2012)
- Escoliosis idiopática adolescente (Kou, 2019)
- Trastorno por déficit de atención / hiperactividad (Demontis, 2018)
- Glioma (Shete, 2009)
- Enfisema (Parker, 2019)