Comment utiliser GEDmatch – Le didacticiel complet pour trouver des proches

Présentation de GEDmatch

GEDmatch est un site de généalogie principalement gratuit qui permet aux utilisateurs de télécharger leurs propres résultats de tests ADN autosomiques et de trouver des personnes apparentées. Elle a été fondée par Curtis Roger en 2010. Le puissant outil GEDmatch Genesis trouve des segments d’ADN correspondants dans ses 1,3 million d’utilisateurs, quelle que soit la société d’origine des données. Les utilisateurs peuvent télécharger des données à partir d’une grande variété de sites, permettant aux gens de trouver des membres de leur famille, même si l’un utilisait 23andMe et l’autre AncestryDNA. Il existe également d’autres outils ADN qui vous permettent d’explorer votre ascendance.

L’un des principaux inconvénients de GEDmatch est qu’il n’est pas conçu pour l’utilisateur novice. C’est à cela que sert ce didacticiel: nous vous expliquerons comment vous inscrire gratuitement, télécharger vos données ADN brutes à partir d’autres sites de test ADN, comment examiner votre ascendance et explorer vos relations familiales.

GEDmatch est-il sûr?

GEDmatch ne va pas vous donner des informations médicales inexactes qui pourraient vous amener à demander à tort des soins médicaux car il ne vous fournira aucune information médicale ou de santé. Il ne se présente pas non plus comme la mesure la plus exacte et la plus précise de l’appartenance ethnique. Les outils de mélange / héritage tirent des données de nombreuses sources différentes et vos résultats varieront en fonction du projet que vous sélectionnez.

Avant de commencer à télécharger vos données génétiques sur des sites Web aléatoires, vous devez en savoir plus sur les destinataires de ces données. GEDmatch appartient actuellement à Verogen, une société de génomique médico-légale. Verogen gagne de l’argent, en partie, en permettant aux forces de l’ordre d’utiliser leur base de données généalogique pour résoudre des crimes. Cela pourrait signifier que votre ADN pourrait aider à identifier une victime d’un crime – ou le criminel.

Comment s’inscrire

L’inscription est simple. Aller au page d’inscription et indiquez votre nom, votre alias si vous préférez que votre nom n’apparaisse pas publiquement, votre e-mail et votre mot de passe. Votre email et votre mot de passe seront vos identifiants GEDmatch.

L’e-mail doit être valide car GEDmatch enverra un code de validation. Sachez que cet e-mail sera visible par les autres utilisateurs si vous choisissez d’utiliser l’outil central de correspondance ADN un-à-plusieurs. Bien que votre vrai nom soit demandé, cela ne semble pas validé.

Comment télécharger des données sur GEDmatch

GEDmatch ne propose pas de tests ADN, mais uniquement l’interprétation des résultats ADN existants. Par conséquent, vous devrez télécharger vos données à partir de la société de test SNP à laquelle vous avez soumis un échantillon. Vous pouvez rechercher «comment télécharger des données génétiques brutes à partir de» et le nom de votre société de test ou accéder directement aux didacticiels à partir de ADN d’ascendance , 23 et moi , ou ADN de l’arbre généalogique .

Selon l’endroit où vos tests ont été effectués, vous pouvez télécharger un seul fichier ou un dossier. Ce sera probablement «gzippé», ce qui le fait prendre moins de place mais le rend ainsi seul un ordinateur peut le lire. Pour le «décompresser» et le rendre lisible par un humain, sur un Mac, double-cliquez dessus ou, sur un PC, faites un clic droit et cliquez sur «décompresser». Vous pouvez maintenant l’ouvrir dans WordPad ou Excel.

GEDmatch n’acceptera que ce qu’il appelle le «format 23andMe». Cela diffère de «Variant Call Format» ou «VCF». GEDmatch n’acceptera pas les fichiers .vcf. Vous pourrez probablement télécharger directement un fichier au format 23andMe. Si vous ne pouvez télécharger qu’un VCF, consultez ce tutoriel (faites défiler jusqu’à la partie intitulée «Conversion de fichiers VCF en fichiers 23andMe»).

GEDmatch n’acceptera pas d’exomes ou de génomes complets. Ils recommandent également de ne pas télécharger de données imputées lorsqu’un ordinateur a essayé de deviner ce que votre ADN aurait pu se trouver entre les SNP qui ont été réellement testés. Vous ne devez télécharger que des données SNP brutes.

GEDmatch vérifiera si le fichier est dans le bon format et le rejettera si ce n’est pas le cas. Si vous souhaitez vérifier vous-même que le fichier est au format 23andMe, vous pouvez l’ouvrir dans Wordpad ou Excel. Il aura probablement quelques lignes en haut qui commencent par un hashtag, celles-ci sont ignorées par l’ordinateur. Le reste ressemblera à ceci:

# rsid génotype de la position du chromosome

rs3094315 1 752566 AA

rs3131972 1 752721 GA

rs75333668 1 762320 CC

rsID est le nom du SNP, le chromosome et la position sont l’endroit où se trouve le SNP, et le génotype est ce que le SNP est à cette position. Il y a deux lettres, une de chaque parent.

Maintenant, vous pouvez télécharger vos informations génétiques sur GEDmatch. Ce bouton se trouve sur le côté droit de la page d’accueil, marqué dans la case rouge ci-dessous, et indique «Téléchargements génériques (23andMe, FTDNA, AncestryDNA, Living DNA et la plupart des autres)».

Sur la page suivante, il est recommandé de renseigner autant d’informations que vous en avez. Cependant, les seules cases nécessaires sont un nom et que vous cliquez sur le bouton radio indiquant que vous êtes autorisé à télécharger les données (parce que ce sont les vôtres, vous avez leur permission, la personne est décédée ou vous êtes des forces de l’ordre). Tout le reste est facultatif. Si vous ne connaissez pas la réponse, laissez ce champ vide.

La toute dernière série de questions est facultative, mais il est important de répondre. Ceci demande les préférences de confidentialité pour ce profil ADN, également appelé «kit ADN».

L’option par défaut est «Opt-in» qui permettra aux forces de l’ordre d’accéder à vos données pour les recherches criminelles. Il est important de noter que GEDmatch a été utilisé pour identifier les criminels en trouvant même des membres de la famille éloignés. GEDmatch a été utilisé pour résoudre le cas froid de Golden State Killer en faisant correspondre l’ADN de la scène du crime à un troisième ou quatrième cousin.

J’ai choisi «Opt-out», ce qui me permet de comparer ma trousse à d’autres et permet à des personnes qui ne sont pas des forces de l’ordre de me trouver. D’autres options incluent la recherche, qui vous permet de voir les correspondances mais ne les laisse pas vous voir, ou la recherche privée, qui ne vous permettra pas de trouver des membres de la famille à l’aide de l’outil Genesis mais vous permettra d’utiliser d’autres outils d’ascendance.

Même si vous vous désabonnez ou choisissez de garder les données privées, GEDmatch restera les données aux forces de l’ordre si un tribunal les soumet à comparaître.

Cliquez sur «Choisir un fichier», recherchez le fichier sur votre ordinateur, puis cliquez sur «télécharger». Une fois que vous avez ajouté votre fichier, le téléchargement peut prendre plusieurs minutes. Ne quittez pas la page et n’appuyez pas sur Actualiser. Le temps dépendra de la taille de votre fichier de données génomiques et de la qualité de vos vitesses de téléchargement. Si cela prend plus de dix minutes, vous devriez réessayer.

Si votre fichier est trop volumineux et trop lent à télécharger, vous pouvez le refermer. Sur un Mac, ctrl + cliquez sur le nom du fichier et sélectionnez «Compresser». Sur un PC, faites un clic gauche, sélectionnez «Envoyer vers» et sélectionnez «Dossier compressé (zippé)».

Vous verrez alors de grands nombres verts compter, vérifiant que chacun de vos chromosomes a été trouvé dans votre fichier, puis il vous donnera votre «numéro de kit». Vous en aurez besoin pour toutes les analyses sur GEDmatch. Ne vous inquiétez pas trop de l’écrire dans un endroit sûr, il apparaîtra sur la page d’accueil et vous pourrez le copier et le coller à partir de là.

Pour revenir à la page d’accueil, vous devrez répondre à la question de GEDmatch, « Quand mon kit sera-t-il disponible pour l’outil un-à-plusieurs? » avec «Généralement dans les 24 à 48 heures». C’est la stratégie GEDmatch pour vous empêcher de leur envoyer des e-mails et de vous demander pourquoi vous ne trouvez pas encore vos résultats.

L’outil un-à-plusieurs de GEDmatch prend un certain temps à s’exécuter car il doit comparer votre ADN à l’ADN de tous les 1,3 million d’utilisateurs. Ne vous inquiétez pas, cependant, il existe d’autres outils avec lesquels jouer pendant que vous attendez.

Comment regarder votre Admixture / Heritage

Pour regarder votre adjuvant (héritage), vous devrez trouver votre numéro de kit. Le mien est mis en évidence dans le rectangle vert sur la gauche ci-dessus. Vous pouvez l’écrire ou simplement le copier pour le coller plus tard. Ensuite, cliquez sur «Adjuvant (héritage)» à droite de l’écran.

L’analyse des mélanges fonctionne en faisant correspondre des morceaux de vos SNP à un ensemble de références. Il est important que vous compariez au bon ensemble de références. Sinon, le programme pourrait essayer de forcer une correspondance qui n’est pas vraiment précise, mais c’est la plus proche qu’il a, et rater une correspondance qu’il aurait pu faire.

Cette feuille de calcul contient une liste complète de chacune des populations de chaque projet.

MDLP est un bon calculateur global. Il extrait des données du monde entier. MDLP world et MDLP world-22 sont utiles pour tous ceux qui souhaitent avoir un aperçu général de leur ascendance. MDLp world-22 comprend pygmée, ouest-asiatique, mésolithique nord-européen (un ancien échantillon d’ADN), indo-tibétain, mésoamérique, arctique-amérindien, sud-amérindien, indien, nord-sibérien, atlantique_méditerannien_Néolithique, samoédique, indo_Iranian, est-sibérien , Nord-est-européen, sud-africain, nord-américain, subsaharaien, est-sud-asiatique, proche-est, mélanésien, paléo-sibérien et austronésien.

Eurogenes fournit une carte plus fine de l’Europe avec l’Eurogenes EUtest V2 K15 comprenant North_Sea, Atlantic, Baltic, Eastern_Euro, West_Med, West_Asian, East_Med, Red_Sea, Aouth_Asian, Southeast_Asian, Sibérie, Amérindienne, Océanie, Afrique du Nord-Est et subsaharienne.

Dodecad a quelques groupements différents qui offrent une bonne diversité pour ceux qui ont un héritage africain (Dodecad Africa9 avec Europe, NW_Africa, SW_Asia, E_Africa, Mbuti, W_Africa, Baika et San) ou Asian Heritage (Dodecad V3 avec East_European, West_European, Mediterranean, Neo_African , West_asian, South_Asian, Northeast_Asian, Southeast_Asian, East_African, Southwest_Asian, Northwest African et Palaeo_African).

HarappaWorld est ciblé pour l’ascendance sud-asiatique et comprend S-Indian, Baloch, Caucasian, NE-Euro, SE-Asian, Siberian, NE-Asian, Papuan, American, Beringian, Mediterranian, SW-Asian, San (South African Hunter-Gatherers) , E-Africain, Pygmée et W-Africain.

Ethiohelix est ciblé pour les personnes d’ascendance africaine avec Ethiohelix K10 Africa contenant uniquement Nilo-Saharan, East-Africa2, Mbuti-Pygmy, East_Africa1, Khoi-San, West_Africa, Hadza, Biaka-Pygmy, North-Africa et Omotic.

puntDNAL extrait des données de l’ADN ancien, avec puntDNAL K10 Ancient, y compris ASI (Ancient South Indian), Sub-Saharan, Oceania, Beringian, END (Early Neolithic Farmers), CHG (Caucasus Hunter-Gatherers), Siberian, E_Asian WHG (Western European Hunter Gather) ) et amérindien.

Gédrosie utilise également un ADN ancien avec le Gedrosia Ancient Eurasia K6, y compris Ancestral North Eurasian, Ancestral South Eurasian, East_Asian, West European Hunter-Gatherer, Natufian et Sub_Saharan.

Les résultats du test peuvent être visualisés de plusieurs manières, y compris les «proportions» qui donnent un diagramme à secteurs, ou «Mélange par chromosome» qui comprend les informations sur les parties de vos chromosomes identifiées comme provenant de chaque région.

Le diagramme à secteurs est utile pour voir quelles sont vos estimations d’ascendance totale. La peinture chromosomique vous permet de voir quelles zones de votre génome proviennent de quelle population et aide à montrer un peu plus l’incertitude dans les estimations – les zones qui sont de couleurs multiples peuvent provenir de l’une de ces populations car les populations ont un ADN similaire dans cette génomique. Région.

Comment savoir si vos parents sont liés

De la même manière que GEDmatch vous permet de trouver des parents dans leur base de données ADN en faisant correspondre des segments de votre ADN aux leurs, vous pouvez vérifier si vos parents étaient liés en recherchant des segments de votre propre ADN qui correspondent à lui-même. Vous avez deux copies de chaque chromosome, une de chaque parent. et peut les comparer les uns aux autres. Si de gros morceaux correspondent, il est probable que vos parents partagent un ancêtre commun récent.

Heureusement, mes résultats étaient assez ennuyeux.

Le rouge indique qu’il n’y a pas eu de match, le vert qu’il y a eu un match et le bleu qu’il y a eu un long match. Certains matchs courts devraient se produire par hasard. Plusieurs longues correspondances indiqueraient que vos parents sont liés.

Comment vérifier si vous êtes lié à des humains anciens

Tout le monde descend de certains humains anciens, mais tous les humains anciens n’ont pas été séquencés. Parfois, les scientifiques trouvent des restes anciens qui contiennent encore de l’ADN humain en assez bon état pour extraire des informations génétiques.

Cette application fonctionne de la même manière que l’outil de comparaison ADN un-à-plusieurs que vous attendez probablement toujours d’être exécuté. Il compare votre ADN aux échantillons anciens et vérifie si de longs segments correspondent.

L’outil vous permet de modifier la durée de l’étirement correspondant. 0,5 cM est assez court et il y a beaucoup de matchs. De nombreuses correspondances n’indiquent pas nécessairement qu’il existe une relation étroite. Ceux-ci sont indiqués en orange. Chaque barre orange montre quelle partie des chromosomes de l’ancien humain correspond au mien.

Cependant, si vous augmentez l’étirement qui doit correspondre à un nombre plus grand, ici 5cM, beaucoup moins d’étirements correspondent. Cela signifie que je ne suis pas très proche de ces anciens humains. Il n’y a pas eu de correspondance au-dessus de 6cM.

Comment regarder les segments correspondants chez plusieurs personnes

Plutôt que de comparer uniquement vos chromosomes à d’autres (un à plusieurs), le navigateur de chromosomes 3-D permet jusqu’à 9 comparaisons à la fois (plusieurs à plusieurs).

Ici, je regarde deux personnes qui sont parent et enfant et un membre de la famille éloigné. Les barres colorées sont les parties du chromosome X qui correspondent entre les deux individus. L’orange montre que la plupart des chromosomes X correspondent entre la mère et l’enfant.

La partie centrale qui n’est pas mise en évidence comme correspondance est le centromère. Il y a un centromère au milieu de chaque chromosome. L’ADN centromérique est très répétitif et ne contient aucun gène. Par conséquent, il n’est généralement pas inclus dans l’analyse SNP.

La mère et l’enfant ont probablement également des centromères correspondants, mais comme aucun SNP n’a été analysé dans cette zone, il ne peut pas être confirmé qu’ils sont identiques.

Les barres jaunes indiquent la partie du chromosome X qui correspond au membre de la famille le plus éloigné. Ce morceau est plus petit car l’individu est plus éloigné. Le bloc correspond également à la mère et à l’enfant, indiquant que le parent est lié à l’enfant par la mère. Si le parent éloigné était lié à l’enfant par le père, il n’y aurait pas de correspondance.

Vous pouvez utiliser le navigateur de chromosomes 3D pour toutes les personnes dont vous disposez de numéros de kits. Cependant, les individus non apparentés n’auront pas d’ADN correspondant et ne fourniront pas de graphiques très intéressants.

Comment trouvez-vous les numéros de kit pour les personnes apparentées? Vous utilisez l’outil un-à-plusieurs!

Comment utiliser l’outil un-à-plusieurs

Un à deux jours après avoir téléchargé vos informations ADN, vous pouvez taper votre numéro de kit (ou celui de n’importe qui) en haut et lancer la recherche. Cela attirera les individus qui partagent des segments d’ADN avec vous, également connus sous le nom de votre famille.

La première colonne est le numéro du kit, qui identifie de manière unique le téléchargement d’ADN et permet à tout utilisateur de répéter toute analyse en utilisant ce numéro de kit au lieu du sien. Cela signifie que vous pouvez prendre le numéro de kit que vous trouvez ici et le brancher dans les outils décrits ci-dessus: vous pouvez découvrir leur mélange / héritage, si leurs parents étaient apparentés, ou comparer leurs chromosomes à quelqu’un d’autre dont le numéro de kit que vous copiez et collez.

La deuxième colonne correspond à l’alias que l’utilisateur choisit d’utiliser pour ce kit et la troisième est l’adresse e-mail de l’utilisateur. L’utilisateur n’est peut-être pas la personne dont provient l’ADN. Vous ne devez pas supposer que cet e-mail appartient à votre parent, mais seulement qu’il appartient à une personne autorisée à télécharger les informations ADN de votre parent.

Après les informations de l’utilisateur est «GED». Le GED dans GEDmatch signifie GE généalogique ré à. Cela vient du GEDCOM ( GE généalogique ré à COM format de fichier.

Si vous avez un arbre généalogique détaillé dans un logiciel de recherche généalogique, il peut être exporté au format GEDCOM et téléchargé vers GEDmatch. Cela vous permettra de lier des arbres généalogiques à l’aide de la fonction de relation dans l’outil un-à-plusieurs de GEDmatch. Si un kit est associé à une entrée GEDCOM, il apparaîtra sous forme de lien dans cette colonne.

L’âge en jours fait référence au temps écoulé depuis le téléchargement du kit. Le type décrit. Le sexe est un homme ou une femme binaire que l’utilisateur a indiqué lors du téléchargement du kit. Les autres entrées que l’utilisateur aurait pu indiquer sont les haplogroupes: Mt et Y.

Mt est l’abréviation de mitochondries. Les mitochondries sont transmises de la mère à l’enfant et ne se recombinent pas ou ne se fragmentent pas à chaque génération, comme le font la plupart des génomes. Il permet aux gens de retracer leur lignée directement à travers leurs mères.

Y est similaire à Mt mais uniquement pour les hommes. Seules les extrémités du chromosome Y sont capables de se recombiner avec le chromosome X, ce qui signifie que la majeure partie du chromosome Y est transmise de père en fils intact. Cela permet aux hommes de retracer leur lignée à travers leurs pères.

GEDmatch ne vous indiquera pas votre haplogroupe, mais vous pourrez peut-être savoir si vos proches ont leurs informations sur l’haplogroupe. Si vous partagez un ancêtre maternel commun, vous avez le même haplogroupe Mt. Si vous êtes un homme et que vous partagez un ancêtre paternel commun avec un autre homme, vous avez le même haplogroupe Y.

Vient ensuite le «total cM» du match. CentiMorgans est une mesure de la longueur de l’ADN qui tient compte de la fréquence à laquelle certains points se recombinent. Deux colonnes plus tard est «Le plus grand» qui indique le segment le plus long qui correspond entre deux individus.

Une colonne «Générations» donne une estimation du nombre de générations en dehors de deux individus. 1 représente une relation parent-enfant, 1,2 un frère ou une sœur, 1,4 un demi-frère, un oncle ou un grand-parent. 2 serait un cousin comme le dernier ancêtre commun était il y a 2 générations, 2,6 serait un cousin germain une fois enlevé, 3 serait le cousin au deuxième degré avec le dernier ancêtre commun il y a 3 générations. La prédiction se décompose sur 4.

L’individu de l’exemple a deux parents au premier degré, soit des parents, soit des enfants, un parent de 1,5 degré, comme une tante, et un parent au deuxième degré, probablement un cousin. Mes propres résultats étaient tous au-delà des parents du 4e degré.

La source indique la société par laquelle les données génomiques ont été générées ou par laquelle les données ont été migrées (transférées) depuis l’ancien site GEDmatch. La possibilité de tirer de différents kits de test ADN l’un des avantages originaux de GEDmatch. Si un utilisateur souhaite rechercher des membres de sa famille, il n’a pas besoin d’acheter à la fois les kits Ancestry et 23andMe. L’utilisateur peut rechercher toutes les données ADN téléchargées quel que soit le service de test ADN.

La colonne «Chevauchement» décrit le nombre de SNP réellement comparés. Cette opération n’est pas effectuée pour les kits migrés. Le nouveau système de genèse n’a pas besoin que les kits aient testé exactement les mêmes SNP pour dire que deux individus sont liés. Cependant, plus de SNP qui correspondent directement signifie plus de certitude dans la correspondance.

Comment itérer avec GEDmatch

Une grande partie du plaisir de GEDmatch est de pouvoir regarder les liens entre les gens. Si suffisamment de vos proches ont téléchargé leurs données, vous pouvez les trouver, voir lesquels sont liés les uns aux autres et construire votre arbre généalogique. Une fois que vous avez trouvé les numéros de kit des personnes liées à vous, vous pouvez effectuer toute analyse sur cette personne que vous auriez faite sur vous-même. Cela peut vous permettre de déterminer d’où proviennent différentes parties de votre patrimoine.

Même si vous n’avez pas de parents proches, vous pouvez trouver des numéros de kit d’étrangers et trouver leurs liens familiaux et en apprendre davantage sur leur histoire et leur patrimoine familiaux. Cela peut être agréable de manière curieuse, mais n’oubliez pas que n’importe qui d’autre peut faire de même avec vos données.

Comment supprimer vos données de GEDmatch

Pour supprimer vos données de GEDmatch, cliquez sur le crayon à côté des informations du kit sur la page d’accueil.

Vous serez redirigé vers la page «Kit Profile Management». Cette page vous permet de mettre à jour les informations fournies pour votre kit.

Le deuxième onglet indique «retrait du kit». Si vous cliquez dessus, vous serez redirigé vers la page ci-dessous. Entrez votre mot de passe et cliquez sur supprimer.

FAQ GEDmatch

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