Bibliothèque Nebula – Débloquer la recherche génétique

nébuleuse-bibliothèque

Imaginez votre génome comme un orchestre. Parfois, le son provient d’un seul instrument, un soliste doué qui remplit à lui seul la salle de concert. Mais le plus souvent, la musique est un amalgame de nombreux instruments différents, chacun apportant une petite contribution à la mélodie générale. Aujourd’hui, la recherche génétique cherche à découvrir comment un orchestre de gènes détermine divers traits et comment les maladies surviennent si cet orchestre est désaccordé.

Les quelque 20 000 gènes du génome fonctionnent de la même manière. Un trait ou une maladie particulier peut être l’œuvre d’un seul gène – par exemple, le groupe sanguin et la fibrose kystique. Mais les maladies et les traits les plus courants, tels que les maladies cardiaques, le diabète, la taille et l’intelligence, sont le résultat de plusieurs gènes fonctionnant en combinaison. En fait, des centaines, voire des milliers de gènes peuvent travailler ensemble, chacun exerçant une légère influence sur la biologie humaine. Aujourd’hui, les scientifiques mènent des recherches génétiques pour mieux disséquer ces traits polygéniques – c’est-à-dire quels gènes et variations génétiques (principalement des polymorphismes de nucléotides uniques) contribuent et dans quelle mesure?

Bibliothèque de la nébuleuse – Recherche génétique débloquée

Chez Nebula Genomics, nous nous engageons à apporter des découvertes scientifiques de pointe à nos utilisateurs, ainsi qu’à rendre leur signification plus intuitive à saisir. Nous sommes ravis d’annoncer le lancement de la Nebula Research Library – une collection hebdomadaire mise à jour de rapports personnalisés basés sur les dernières découvertes génétiques. La bibliothèque de recherche Nebula est au cœur de nos rapports. Avec lui, vous serez en mesure de vous tenir au courant des dernières découvertes en génomique humaine et de leurs relations avec vous. Aujourd’hui, la bibliothèque Nebula comprend plus de 150 études d’association à l’échelle du génome (GWAS). Nous avons rendu public le contenu de la bibliothèque Nebula sur notre blog pour faciliter l’exploration et la découverte du contenu qui vous intéresse.

Dans cet article de blog, nous expliquerons comment utiliser la bibliothèque de recherche Nebula et comprendre les résultats des études d’association à l’échelle du génome qu’elle contient.

La recherche génétique expliquée

La figure 1 montre une entrée de bibliothèque exemplaire – une étude d’association à l’échelle du génome qui a examiné la génétique du trouble d’hyperactivité avec déficit de l’attention (TDAH). Tout d’abord, le titre d’un article de recherche vous est présenté, ainsi que la date de publication, l’auteur principal, le nom et le journal de publication. À droite du titre de l’article, vous pouvez trouver un bouton de partage que vous pouvez utiliser pour partager vos résultats par e-mail ou sur les réseaux sociaux. Sous le titre, il y a des balises de sujet qui vous aideront à explorer la bibliothèque de recherche Nebula pour le contenu connexe.

Ensuite, nous fournissons un résumé de l’étude ainsi que des informations supplémentaires pertinentes pour la condition étudiée. Dans l’exemple d’étude ci-dessous, nous expliquons ce qu’est le TDAH, fournissons des informations sur la façon dont l’étude a été menée. Par exemple, le nombre de participants à l’étude et leur appartenance ethnique.

Scores polygéniques

Nous calculons deux nombres pour la plupart des études. Le premier nombre est une partition polygénique. Il résume l’effet de toutes les variantes génétiques découvertes dans l’étude et présentes dans votre génome. Le deuxième nombre est un centile calculé pour le score polygénique. Il vous indique comment votre score polygénique se compare aux scores des autres utilisateurs de Nebula Genomics.

La figure 1 montre un score polygénique pour le trouble d’hyperactivité avec déficit de l’attention (TDAH) qui a été calculé à partir des variantes associées au TDAH identifiées dans cette étude (UNE). Ce score place l’utilisateur dans le 97e centile (B), ce qui signifie qu’il a un score polygénique plus élevé pour le TDAH que 97% de nos utilisateurs.

Une étude génétique dans la nouvelle bibliothèque de recherche Nebula.

Figure 1. Une entrée dans la nouvelle bibliothèque de recherche Nebula.

Informations génétiques détaillées

Sous le score polygénique, vous pouvez trouver un tableau avec des variantes génétiques. Les deux premières colonnes du tableau contiennent les ID de variant et les allèles – versions d’un variant – qui se sont avérés être associés à un trait ou à une maladie, qui est le TDAH dans l’exemple de la figure 1 (C).

Ensuite, viennent trois colonnes qui listent les tailles des effets alléliques, les fréquences et la signification statistique des associations (D). Les tailles d’effet sont les contributions de différents allèles au score polygénique. Certains allèles ont des tailles d’effet positives et augmentent le score (surligné en vert) tandis que d’autres allèles ont des tailles d’effet négatives et diminuent le score (surligné en bleu). Les allèles absents de votre génome n’affectent pas votre score polygénique (non mis en évidence). La colonne suivante contient les fréquences d’allèles qui vous indiquent le pourcentage de personnes dans la population qui portent chacun des allèles répertoriés. Nous montrons également une signification statistique pour chacune des associations découvertes dans une étude. Ces numéros sont appelés p -valeurs. Le plus petit p -valeur, plus il est certain que l’association découverte entre un trait et une variante génétique est réelle.

La dernière colonne montre votre génotype – les deux allèles que vous avez hérités de vos parents – et une précision estimée de notre prédiction (E). Notez que nous tenons compte de cette incertitude lors du calcul de vos scores polygéniques. Si la précision est faible, la contribution au score polygénique est réduite.

Procéder avec prudence

Nous tenons à souligner que les scores que nous calculons ne doivent pas être considérés comme des scores de risque génétique et non utilisés pour prédire le risque de développer des maladies. Il existe plusieurs limitations.

Premièrement, les scores polygéniques ne décrivent que des prédispositions génétiques. Les influences de facteurs environnementaux tels que le mode de vie ne sont pas prises en compte. Deuxièmement, l’héritabilité génétique de la plupart des caractères et des maladies reste mal comprise. Les études de la bibliothèque Nebula ne répertorient que les associations les plus significatives, qui ne représentent qu’une petite fraction de tous les liens existants entre la génétique et les caractères. Les variantes identifiées ne sont pas non plus nécessairement les variantes causales. Troisièmement, la plupart des études ont examiné les données génétiques d’individus d’ascendance européenne. La question de savoir si les mêmes associations existent dans d’autres populations et peuvent être utilisées pour la prévision des risques reste souvent une question ouverte. De grands projets de génomique des populations comme la UK Biobank sont en cours pour répondre à cette question.

Pour ces raisons, la bibliothèque de recherche Nebula n’est pas destinée à un usage médical ou diagnostique. Les gènes ne sont pas nécessairement le destin. Si vous avez une variante particulière associée à une maladie dans votre génome, cela ne signifie pas que vous développerez cette maladie. Il en va de même pour les partitions polygéniques. Un score / percentile polygénique élevé pour une maladie particulière ne signifie pas nécessairement un risque de maladie significativement accru. Comme toujours, si vous avez des questions sur votre santé, veuillez demander l’avis et l’avis d’un professionnel de la santé.

Rejoignez-nous aujourd’hui

Le séquençage personnel du génome est devenu abordable pour presque tout le monde. Vous pouvez maintenant entrer dans l’ère de la génomique personnelle et découvrir comment les dernières découvertes sont liées à votre ADN. Commandez notre séquençage du génome entier ou Commencez gratuitement en téléchargeant vos données 23andMe / AncestryDNA !

Rapports dans la bibliothèque Nebula (août 2020)